高通量测序技术及其在表观遗传学上的应用

DNA测序技术是现代生命科学研究的重要工具之一,而高通量测序技术在全基因组的研究中发挥着越来越重要的作用。简要回溯DNA测序技术的产生与发展,着重从PCR扩增测序和单分子测序两个方面全面描述了高通量测序中众多代表性的技术及直接测序技术,并从DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA调控等方面阐述了高通量测序技术在表观遗传学上的运用。     

黑眉锦蛇消化道6种酶的组织化学定位

目的研究黑眉锦蛇消化道酸性磷酸酶(ACP)、碱性磷酸酶(ALP)、过氧化物酶(POX)、非特异性酯酶(NSE)、腺苷三磷酸酶(ATPase)、琥珀酸脱氢酶(SDH)等酶的分布。方法消化道分8个部位取材,应用冰冻切片、石蜡切片、酶组织化学技术及光密度定量分析。结果 ACP主要分布于十二指肠至回肠的黏膜上皮,十二指肠和空肠酶活性显著较高(P<0.05);ALP分布于食管、十二指肠至回肠的黏膜上皮,十二指肠酶活性最高(P<0.05);POX和NSE在整个消化道黏膜上皮和黏膜固有层中均有分布,胃幽门和直肠酶活性较低(P<0.05);ATPase在消化道除直肠未检测到酶活性外,其它部位均有分布,以十二指肠酶活性最高(P<0.05);SDH除食管未检测到酶活性外,其它部位均有分布,胃中胃腺部酶活性较高(P<0.05)。结论黑眉锦蛇消化道黏膜酶的分布同其它动物有相似之处,也有其自身特点。不同酶的分布和消化道各部位的生理机能密切相关。     

凹耳蛙MHCII类B基因第二外显子多态性分析

两栖类正经历全球范围内的种群衰退,很多两栖动物集群灭绝事件与环境病原体(如壶菌(Batrachochytrium dendrobatidis)的侵扰有关。MHC基因的表达产物在有颌脊椎动物免疫应答过程中起关键作用,其多态性通常与动物对疾病的抗性或易感性密切相关,因而被认为是研究动物适应性进化的最佳候选基因之一。本文对中国特有的无尾两栖动物凹耳蛙(Odorrana tormota)MHC II类B基因多态性进行初步研究。首先,利用1对通用引物扩增出凹耳蛙MHC II类B基因exon2长约180bp的DNA片段。在此基础上,利用ligation-mediated PCR进一步获取侧翼未知序列,序列拼接后长2,030bp,包含exon2以及intron1和intron2的部分序列。基于上述序列设计出凹耳蛙B基因exon2特异性引物(IIQ1BU/IIQ1BD),对该物种黄山种群32个样品进行PCR扩增和克隆测序,共获得34个不同的等位基因,等位基因序列核苷酸和氨基酸变异位点的比例分别为16.17%(33/204)和26.87%(18/67),大多数氨基酸变异位点位于推测的抗原结合位点(antigen binding sites,ABS)。每个样品包含2-5个等位基因,结合等位基因序列特征以及cDNA表达分析结果,推测凹耳蛙至少拥有3个可表达的B基因座位。与文献报道的蛙科其他物种比较后发现,尽管凹耳蛙目前的分布区非常狭窄,但其MHC II类B基因多态性明显高于蛙科其他动物。等位基因碱基替换模式提示凹耳蛙MHC II类B基因曾经历过强烈的正选择作用,ABS区的dN值显著大于dS(P<0.05),PAML软件包CODEML程序中不同模型的似然比检测(likelihood rate test)结果同样支持上述推论,贝叶斯经验贝叶斯路径(Bayesian Em-pirical Bayes)共检测出5个显著受正选择作用的氨基酸位点。贝叶斯系统树的拓扑结构显示,无尾两栖类不同科的等位基因分别形成单系群,但蛙科不同属的等位基因未能形成单系群,蛙属绿池蛙(Rana clamitans)的1个等位基因与臭蛙属凹耳蛙的部分等位基因享有共同的谱系关系,提示蛙科不同属间的B基因存在跨种多态性。     

临床分离耐甲氧西林溶血性葡萄球菌的SCCmec分型及同源性分析

目的了解临床分离耐甲氧西林溶血性葡萄球菌（MRSH）的SCCmec基因型别及相同SCCmec型别菌株的同源性。方法多重PCR进行SCCmec分型,ERIC-PCR法对相同SCCmec型别菌株进行同源性分析。结果83株临床分离MRSH菌株中,SCCmecI型有23株（27．7％）,SCCmecⅡ型有10株（12．1％）,SCCmecm型有24株（28．9％）,SCCmecIV型有1株（1．2％）,I、Ⅱ混合型有8株（9．6％）,I、Ⅲ混合型有6株（7．2％）,Ⅱ、11混合型有5株（6．0％）,I、Ⅱ、Ⅲ混合型有3株（3．6％）,未分型3株（3．6％）。ERIC—PCR结果显示,23株SCCmecI型分为11型,其中A型5株,B型5株,C型3株,其余8株各为1型,2株未分型;10株SCCmecⅡ型分为6型,其中D型4株,E型2株,3株各为1型,1株未分型;24株SCCmecm型分为9型,其中F型11株,G型2株,H型2株,I型2株,5株各为1型,2株未分型。结论临床分离MRSH中,SCCmecI、Ⅲ型为多,部分菌株呈混合型别;相同SCCmec型别的部分菌株之间可能存在克隆传播。     

圆网蛛类系统发生与网型进化

本文从妖面蛛总科和园蛛总科系统发生关系、园蛛总科网型不同的蜘蛛间的系统发生关系及蛛网构建行为等几个方面着重介绍了圆网蛛类系统发生及网型进化的研究进展.圆网蛛类系统发生与其网型进化有效地结合、进行综合研究将有助于圆网蛛类的起源及网型多样性的研究.     

宣黄连的生态学特征和栽培研究

宣黄连特指主产安徽的短萼黄连,宣黄连系安徽历史名药,由于长期的采集,资源已经极度枯竭。本文报道了宣黄连的生态学特征和栽培研究,研究表明,野生宣黄连种群主要分布在安徽皖南山区,有林下类型和溪边类型两种,其中以林下类型为主。对宣黄连的栽培结果表明,宣黄连最适宜在皖南山区生长,应建立种质苗圃以保护和繁育宣黄连。     

牛蛙皮胶原蛋白酸提取条件优化及其对细胞生长和粘附性的影响

应用羟脯氨酸法测定了牛蛙皮胶原蛋白含量,通过正交实验对牛蛙皮胶原蛋白酸法提取条件进行了优化,并结合MTT法测定了胶原蛋白对细胞生长和粘附性的影响。结果显示,牛蛙皮胶原蛋白的含量约为45．1％;温度条件对提取率影响最大,其次依次为酸种、时间和浓度,最优组合为乙酸、1．5mol／L、37℃、24h;在低浓度时,牛蛙皮胶原蛋白对正常人类肝细胞的生长和粘附性无显著影响,当浓度升高到一定值时,对细胞生长和粘附性有显著促进作用。     

中国穿山甲消化道5-羟色胺免疫活性细胞的定位

目的研究中国穿山甲消化道5-羟色胺（5-HT）免疫活性细胞的分布和形态。方法应用链霉菌抗生物素蛋白一过氧化物酶免疫组织化学方法（S-P法）。结果中国穿山甲消化道5-HT细胞在胃幽门部密度最高,食道、胃贲门部和胃体中未见分布。肠道5-HT细胞密度从十二指肠、空肠到回肠依次减少,至大肠又显著升高（P〈0．01）。5-HT细胞形态多样,主要有圆形、椭圆形和锥形,肠上皮中锥形5-HT细胞通过顶部较长的胞突通向肠腔,基部较宽的胞体与固有层相接触。结论中国穿山甲消化道5-HT细胞的分布和形态同其它动物有相似之处,也有其自身特点。中国穿山甲消化道中5-HT细胞的分布与其食性是相适应的。     

重组PCR技术的应用及优化

重组PCR是通过DNA重叠序列的衔接作用,使多个DNA分子融合在一起的体外扩增技术。它使基因全序列的拼接、基因融合、基因破坏及启动子交换等DNA操作变得简单易行。如今重组PCR已成为DNA分析的有效利器。本研究通过重组PCR在分子进化、基因敲除及基因敲入、启动子研究和转基因植物转化载体的构建等方面的实际应用,分析了该技术的影响因素,并针对引物设计、DNA碱基重叠长度、温度参数等重要反应条件提出了优化方案。     

同步辐射(软X射线)辐照玉米的细胞学效应研究

利用同步辐射(软X射线)辐照玉米自交系H65和H14D种子,研究其M1代的细胞学效应,并以60Co-γ射线作对照。结果表明,软X射线辐照处理后,不仅能够诱发玉米M1代根尖细胞内核畸变和染色体畸变,而且还能够诱发染色体多种类型的变异,其变异频率随辐照剂量的增加而增大,辐照剂量与细胞总畸变率呈正相关。软X射线对玉米根尖细胞的有丝分裂具有明显地抑制作用,辐照剂量与细胞分裂指数呈负相关。软X射线辐照的细胞学效应与γ射线基本相似,但在诱发的细胞畸变率和染色体变异类型上存在一定的差异。两个供试品系对辐射的敏感性为H14D>H65。